Дханвантари считают одним из воплощений Вишну, хранителя Вселенной, богом классической индийской медицины. Согласно легенде, Дханвантари появился первый раз в течение великого пахтания космического океана, чтобы принести Амриту (эликсир бессмертия). Это пахтание океана является одним из известных эпизодов в Ведических священных писаниях.
С помощью использования горы Мандара в качестве опоры и космической змеи Васуки в качестве веревки, океан был взболтан и из его пены появились четырнадцать священных драгоценных камней, например Шри Лакшми, богиня благосостояния и богатства. Затем появился Дханвантари. Священные писания говорит: "Его цвет лица был черным. Он был очень молод, украшен гирляндами из цветов и различными украшениями. Его тело обладало всеми хорошими признаками, и Он был сильным как лев. В руке Он нес горшок с нектаром." Явление Дханвантари празднуется в наши дни каждый год в 13-й лунный день (Трайодаши) растущей Луны месяца Ашвин за несколько дней перед праздником Дивали (Дипавали). Во время пахтания океана Шри Вишну предсказал, что Дханвантари снова появится в человеческом обществе. Индра, видящий страдания людей на земле из-за болезней, потребовал, чтобы Дханвантари научил человеческий род Аюрведе. Тогда Дханвантари родился в королевской семье в святом городе Бенарес (Варанаси). Он подготовил трактаты о медицине в восьми разделах.Людям высокообразованным в медицине и хирургии, достигшим самого высокого совершенства в своем деле, дают имя Дханвантари, и в наши дни есть медицинская награда с таким же названием.